Recherches sur l'amélioration de la culture des plantes

Biologie des systèmes végétaux: le réseau, ça compte énormément ...
https://www.researchgate.net/publication/49825382_Plant_systems_biology_Network_matters
La biologie des systèmes c'est essentiellement une histoire de réseaux. Une tendance récente a été d'associer automatiquement la biologie des systèmes à l'étude de réseaux de régulation de gènes ou d'interaction de protéines. Cependant, les approches de la biologie des systèmes peuvent être appliquées à de nombreuses autres échelles, de l'échelle subatomique à l'échelle de l'écosystème. Dans cette publication, nous décrivons des études aux niveaux sub-cellulaire, tissulaire, de plantes entières et de plantes cultivées et montrons comment ces études peuvent être reliées à la biologie des systèmes. Nous discutons des propriétés des approches système à chaque échelle ainsi que de leurs limites actuelles, et nous repérons dans chaque cas des avancées uniques à l’échelle considérée, mais représentant un potentiel pour les autres échelles. Nous conclurons en examinant des modèles de plantes reliant différentes échelles et en considérant les perspectives futures de la biologie des systèmes de plantes.

AGRO-ŒNOLOGIE : une nouvelle approche du sol au vin

la-revolution-metagenomique
https://lejournal.cnrs.fr/articles/la-revolution-metagenomique

Une invention aussi importante que le microscope
En métagénomique, la première étape consiste d’abord à extraire l’ADN de l’échantillon prélevé par des traitements physiques, chimiques ou enzymatiques. Cet ADN « en vrac » est alors exploité de diverses manières, en premier lieu à des fins d’inventaire. En effet, certains gènes dits ubiquitaires sont présents chez tous les organismes vivants, par exemple ceux codant pour les ribosomes, mais leur séquence est propre à chaque espèce, constituant ainsi une sorte de code-barres biologique. En amplifiant puis en séquençant ces gènes ubiquitaires, les chercheurs peuvent désormais établir l’inventaire complet des espèces présentes dans l’environnement échantillonné. « C’est une vraie révolution, aussi importante que l’invention du microscope il y a 400 ans
Du monde sous nos pieds.
Un autre gisement de biodiversité microbienne se cache aussi sous nos pieds. Un seul gramme de terre peut en effet contenir jusqu’à un milliard de bactéries ! Et là encore, seule la métagénomique est capable d’étudier ce colossal réservoir biologique souterrain, qui regorge notamment de bactéries productrices d’antibiotiques naturels. « Alors que certaines bactéries pathogènes pour l’homme résistent aujourd’hui à tous les antibiotiques disponibles, ce gisement de nouveaux antibiotiques mis à jour par métagénomique est une excellente nouvelle », se félicite Pascal Simonet. Mais les antibiotiques sont loin de constituer la seule application potentielle de l’étude métagénomique des bactéries du sol. L’idée est aussi de trouver de nouvelles enzymes utiles pour l’industrie ou l’agriculture, mais aussi pour dépolluer ; c’est ainsi que l’on a découvert une bactérie dotée d’un gène capable de dégrader le lindane, un pesticide extrêmement persistant.
http://www.inra.fr/Grand-public/Ressources-et-milieux-naturels/Tous-les-dossiers/Metagenomique-du-sol
« Sur un hectare de sol, on recense entre 1 à 5 tonnes de vers de terres et autres petits animaux, 3 tonnes de champignons microscopiques, 1,5 tonnes de bactéries »

Dans les 10 dernières années les coûts d'analyse par séquençage génétique ont été divisés par 100 000, rendant opérationnels des outils de nouvelle génération pour l'étude , la gestion des sols et de leur capital vivant .
https://symposium.inra.fr/atlasfrancaisbacteriesol/content/download/3587/37186/version/1/file/Metag%C3%A9nomique.pdf

Comment les arbres pourraient sauver le climat
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/07/190704191350.htm
4 juillet 2019 - source: ETH Zurich
Résumé:
Environ 0,9 milliard d'hectares de terres dans le monde conviendraient au reboisement, qui pourrait à terme absorber les deux tiers des émissions de carbone d'origine humaine. Une étude montre que cela constituerait la méthode la plus efficace pour lutter contre le changement climatique

https://www.pnas.org/content/early/2019/07/26/1906419116
Increasing crop heterogeneity enhances multitrophic diversity across agricultural regions

tacyst a écrit:

https://www.pnas.org/content/early/2019/07/26/1906419116
Augmenter l'hétérogénéité des cultures améliore la diversité multitrophique dans les zones agricoles
L’homogénéisation du paysage agricole est une menace majeure pour la biodiversité et la fourniture de services écosystémiques essentiels au bien-être humain. Il est bien connu que l’augmentation de la couverture semi-naturelle dans les paysages agricoles a un effet positif sur la biodiversité. Cependant, le rôle de la mosaïque de culture elle-même est mal connu. L'hétérogénéité des cultures dans le paysage a eu un effet beaucoup plus fort sur la diversité multitrophique que la quantité de couverture semi-naturelle dans le paysage, à travers 435 paysages agricoles situés dans 8 régions d'Europe et d'Amérique du Nord. L’augmentation de l’hétérogénéité des cultures peut être un moyen efficace d’atténuer les impacts potentiellement négatifs de l’agriculture sur la biodiversité sans avoir á réduire les surfaces en production

https://www.researchgate.net/publication/271212846_Reconsidering_the_role_of_'semi-natural_habitat'_in_agricultural_landscape_biodiversity_a_case_study

https://www.sciencesetavenir.fr/nature- ... aux_101275
Des chercheurs français démontrent que les rendements des cultures sont plus élevés quand différentes plantes sont mélangées et qu’elles possèdent un patrimoine génétique diversifié.
https://www.researchgate.net/publication/274251293_Complementary_effects_of_species_and_genetic_diversity_on_productivity_and_stability_of_sown_grasslands
la diversité taxonomique et génétique peut jouer des rôles complémentaires dans l'optimisation de la production de fourrage pour le bétail dans les prairies gérées, et suggérons que les deux niveaux de diversité soient pris en compte dans les programmes de sélection végétale conçus pour accroître la productivité et la résilience des prairies gérées. des risques environnementaux croissants.

Une ferme expérimentale en Californie réinvente depuis plus huit années une agriculture de polycultures et élevages pour faire revivre ses sols et produire sans intrants. Expérience difficile dans un contexte de sécheresse historique subie par cette région.
Aventure de deux rêveurs, John Cinéaste et Molly chef-cuisinière lorsqu'ils font un choix qui les fait sortir de leur petit appartement à Los Angeles et les emmène à la campagne pour construire cette ferme de 86 Ha avec un financement participatif.

Tout est possible (The biggest little farm) Bande-annonce VFrancaise
http://www.allocine.fr/video/player_gen_cmedia=19584399&cfilm=267927.html

une start-up de la ferme filme son histoire biodynamique

«Nous avons été faibles. Un vieux dicton dit... ils ne sont puissants que parce que nous sommes à genoux. Ça s’applique parfaitement à cette situation. Nous n’avons pas résisté aux lobbys. Nous sommes devenus leurs complices. Nous, les organisations mandataires de l’intérêt public, on n’a tout simplement pas fait notre job», a dénoncé le lanceur d’alerte devant la commission parlementaire au Quebec sur les pesticides,

M. Robert ... affirme qu’il y a déjà des méthodes «sans coûts importants pour le producteur et qui sont même rentables à court terme» pour réduire de façon importante l’épandage des pesticides. «C’est relativement simple, ce sont des méthodes connues depuis longtemps. Mais c’est plus compliqué que d’arroser avec du Roundup et de ne pas se casser la tête», ....

Une étude réalisée au CÉROM en 2014 et 2015 dans une cinquantaine de champs de maïs du Québec a trouvé que les ravageurs n’étaient suffisamment abondants pour causer des problèmes que dans 3,8 % des cas. Or jusqu’à tout récemment, 99 % des semences de maïs étaient traitées préventivement avec des néonicotinoïdes (un insecticide). C’est donc dire que la grande majorité de ces pesticides sont utilisées en pure perte,
http://meteopolitique.com/Fiches/Alerter-Divulguer/Louis-Robert-Agronome/Louis-Robert-agronome-ministere-agriculture-Quebec_index.htm
https://www.agrireseau.net/blogue?r=Auteur:%22Louis%20Robert%22

https://www.iddri.org/sites/default/files/PDF/Publications/Catalogue%20Iddri/Etude/201809-ST0918-tyfa_0.pdf
Une agriculture multifonctionnelle pour une alimentation saine en réconciliant les citoyens avec leurs agriculteurs dans un environnement préservé pour tous
Enseignements d’une modélisation du système
alimentaire européen
L’AGROÉCOLOGIE : UN PROJET AMBITIEUX ET SYSTÉMIQUE
Prendre en compte conjointement les enjeux d’alimentation durable des Européens, de préservation de la biodiversité et des ressources naturelles et de lutte contre le changement climatique suppose une transition profonde de notre système agricole et alimentaire. Un projet agroécologique fondé sur l’abandon des pesticides et des engrais de synthèse, et le redéploiement de prairies extensives et d’infrastructures paysagères permettrait une prise en charge cohérente de ces enjeux.
UNE MODÉLISATION ORIGINALE DU SYSTÈME ALIMENTAIRE EUROPÉEN
Le projet TYFA explore la possibilité de généraliser une telle agroécologie à l’échelle européenne en analysant les usages et besoins de la production agricole, actuelle et future. Un modèle quantitatif original (TYFAm), mettant en relation systémique la production agricole, les modes de production et l’usage des terres, permet d’analyser rétrospectivement le fonctionnement du système alimentaire européen et de quantifier un scénario agroécologique à 2050 en testant les implications de différentes hypothèses.
PERSPECTIVES POUR UN SYSTÈME AGROÉCOLOGIQUE MOINS PRODUCTIVISTE
Les régimes alimentaires européens, de plus en plus déséquilibrés et trop riches, notamment en produits animaux, contribuent à l’augmentation de l’obésité, du diabète et des maladies cardio-vasculaires. Ils reposent sur une agriculture intensive, fortement dépendante : (i) des pesticides et fertilisants de synthèse – aux conséquences sanitaires et environnementales avérées ; (ii) des importations de protéines végétales pour l’alimentation animale –
faisant de l’Europe un importateur net de terres agricoles. Un changement de régime alimentaire moins riche en produits animaux ouvre ainsi des perspectives pour une transition vers une agroécologie moins productive.
UNE ALIMENTATION DURABLE POUR 350 MILLIONS D’EUROPÉENS Le scénario TYFA s’appuie sur la généralisation de l’agroécologie, l’abandon des importation de protéines végétales et l’adoption de régimes alimentaires plus sains à l’horizon 2050. Malgré une baisse induite de la production de 35 % par rapport à 2010 (en Kcal), ce scénario :
– nourrit sainement les Européens tout en conservant une capacité d’exportation ;
– réduit l’empreinte alimentaire mondiale de l’Europe ;
– conduit à une réduction des émissions de GES du secteur agricole de 40 % ;
– permet de reconquérir la biodiversité et de conserver les ressources naturelles.
.

l'Afrique sans la chimie
http://www.songhai.org/index.php/fr/

https://blogs.scientificamerican.com/observations/long-live-microbiomes/
SCIENTIC AMERICAN septembre 2019
Longue vie aux microbiomes!
Nourrir les communautés microbiennes à l'intérieur de notre corps et dans nos fermes pourrait être crucial pour la santé des humains et de la planète sur laquelle nous vivons
Pour récolter tous ces avantages d'un sol sain, nous devons nourrir le microbiome du sol et les microbiomes des plantes . Il y a tout un réseau trophique microbien hautement connecté dans le sol que l'agriculture industrielle intensive perturbe . Glyphosate a été montré pour empêcher la colonisation bénéfique des champignons mycorhiziens sur les racines, tout comme le maïs GM . À l'inverse, les pratiques organiques soutiennent une communauté microbienne plus diversifiée et plus robuste et des sols avec une biomasse microbienne, une activité et une diversité plus élevées , ainsi que jusqu'à trois fois plus de vers de terre. Comme le disait un éditorial de février 2015 dans Science , nous devons « donner aux sols leur dû ».

Chez les humains, nos quelque 30 billions de cellules correspondent à un nombre similaire de micro-organismes, notre «sol intérieur», qui fonctionnent dans tout notre corps en échange de nourriture et d'un abri. Notre microbiome remplit un large éventail de fonctions essentielles, telles que renforcer notre système immunitaire, fabriquer des vitamines et favoriser la digestion.

Un film éblouissant «Champignons fantastiques» montre la magie des champignons avec une sortie en salles en pleine expansion
https://www.forbes.com/sites/davidcarpenter/2019/11/06/dazzling-film-fantastic-fungi-shows-the-magic-of-mushrooms-with-an-expanding-theatrical-release/#4a8cb5a93c4a
le film raconte et décrit les bienfaits des champignons, l'étonnante toile fongique présente dans notre sous le sol. Appelé mycélium, les brins semblables à des synapses voyageant sous le corps fructifère des champignons peuvent courir sur des kilomètres en créant des connections souterrains qui aident à restaurer les arbres malades et à transmettre des nutriments essentiels à travers de vastes étendues de tapis forestier.

''Fantastic Fungi'' montre que l'utilité du champignon va bien au-delà d'une tranche de 95$ de truffe noire sur vos pâtes - il pourrait bien jouer un rôle clé dans la sauvegarde des futurs actes de l'humanité. C'est un film incontournable pour quiconque s'intéresse à la vie, à la mort et à la recherche du bien-être de la planète.

Dans ''REUSSIR Vigne'' ce mois -ci :
https://www.reussir.fr/vigne/trois-ouvrages-fondateurs-sur-la-microbiologie-du-sol-parus-en-2019
Trois ouvrages fondateurs sur la microbiologie du sol parus en 2019
Les progrès récents de la génomique ont permis de grandes avancées dans la connaissance de la microbiologie du sol. Destinés à un large public, trois ouvrages parus en 2019 s’attellent à vulgariser ce savoir.

Atlas français des Bactéries du sol

https://www.researchgate.net/publication/329026563_Atlas_francais_des_Bacteries_du_sol
Les chercheurs spécialistes de l’écologie microbienne de l’unité mixte de recherche « Agroécologie », rattachée à l’Inra Bourgogne-Franche-Comté, ont réalisé un inventaire des communautés bactériennes des sols de France. Basé sur les techniques les plus en pointe de séquençage d’ADN, ce travail a débouché sur la réalisation de cet atlas qui nous offre un panorama de ces communautés bactériennes, nous sensibilisant à leur importance dans la qualité et la fertilité des sols. Cet ouvrage est destiné aux chercheurs, étudiants, utilisateurs des sols-agriculteurs, décideurs, industriels, parties prenantes, politiques, bureaux d’étude et lecteurs du grand public désireux de connaître les dernières avancées de la recherche sur le patrimoine microbiologique des sols français, son déterminisme et les fonctions qu’il porte. Un ouvrage unique tant par le sujet traité, que par des représentations originales qui nous permettent d’appréhender le monde bactérien des sols.

Microbiodiversité -Un nouveau regard

https://materiologiques.com/fr/sciences-philosophie/258-la-microbiodiversite-9782373611625.html
Peut-on voir le vivant microscopique autrement qu’à travers le prisme de la lutte perpétuelle contre un monde principalement hostile qu’il faut vaincre pour assurer sa survie ? Telle est la question que la science soulève à la lumière des nouvelles connaissances.
Les recherches les plus récentes montrent en effet que les virus, bactéries, archées, protozoaires, micro-algues ou champignons sont essentiels pour comprendre comment s’est construit le vivant et prendre la mesure de sa complexité, comment il s’est propagé sur Terre, comment il fonctionne, de l’organisme à l’écosystème. Ces recherches révèlent également le potentiel que les micro-organismes représentent en termes d’utilisations bio-inspirées pour le futur de l’humanité et de la biosphère.
Cette partie de la biodiversité, si loin de nous mais si présente, est une solution et non un problème. C’est ce nouveau regard que le livre invite à porter sur ce qu’il convient d’appeler la microbiodiversité…

101 secrets de l'ADN

https://www.cnrseditions.fr/catalogue/biologie-et-sante/101-secrets-de-l-adn/
Tout organisme vivant sur Terre contient de l’ADN, support de l’information génétique. L’étudier, c’est étudier le vivant dans toutes les composantes de sa diversité présente et passée, c’est saisir sa fragilité mais aussi sa capacité à s’adapter aux contraintes les plus diverses et les plus extrêmes, c’est comprendre qui nous sommes, nous humains, nos origines et dans quel monde complexe nous vivons.
Les années 1950 ont vu la découverte de la double hélice de cette molécule, puis dans les années 1970 émergent les premières technologies de séquençage qui permettent de décrire très précisément sa composition chimique, son organisation et son fonctionnement. Depuis, les progrès accomplis dans les technologies d’analyse et les recherches sur l’ADN et les génomes dans leur intégralité ont été considérables.
De l’arbre du vivant à la conservation des espèces, en passant par la paléogénomique, la phylogénie, le transfert de gènes, l’ARN, les symbioses, le microbiote, le recyclage des déchets, les Big Data appliquées au vivant, cet ouvrage propose 101 notions et objets de recherche au plus près de l’actualité scientifique.

SUR LA MYSTIFICATION DES OGM ET DES HYBRIDES CLONÉS – JP BERLAN - 2009
Clones, clowneries, cloneries : la sélection industrielle des origines aux clones chimériques brevetés
http://www.maguelonegardiole.fr/DossierSciences/Bio%20-%20Hybrides%20-%20JP%20Berlan%20.pdf
En quoi consiste cette mystification ?
Le clonage hétérozygote résout le seul problème qui importe dans notre société : en finir
avec la gratuité de la vie. Car aussi longtemps que le grain récolté est aussi la semence de
l’année suivante, le semencier/sélectionneur n’a pas de marché. Son but premier, impératif, en
tant qu’investisseur, celui qui transcende toute autre considération, est, par conséquent, de
séparer ce que la vie confond, la production qui peut rester entre les mains de l’agriculteur et la
reproduction qui doit devenir son monopole. Au fond, il rêve de stériliser le vivant. Rêve
mortifère s’il en est. Tel est le Grand Secret du généticien-sélectionneur. Bien sûr, le
reconnaître serait le rendre politiquement impossible à une époque où les semenciers sont des
entreprises minuscules, les paysans et agriculteurs nombreux et le vivant sacré. Mais
maintenant, les semences sont monopolisées par un puissant cartel de transnationales
agrotoxiques, les paysans ont été remplacés par des technoserfs, le vivant est réduit à un ADN
désenchanté. Il n’y a plus de risque à révéler le Grand Secret. Ce que fait la technique de
transgénèse de « contrôle de l’expression des gènes » annoncée par le Ministère étatsunien de
l’agriculture (par conséquent, la recherche publique !7
) et une firme privée en mars 1998 et
surnommée Terminator par ses opposants. Terminator est ainsi le plus grand triomphe de la
biologie appliquée à l’agriculture.